明定檢察官舉證的責任
2003年2月， 民進黨執政期間，「刑事訴訟法」做了一次有史以來、空前的大修正，其中最重要的是修正第161條、第163條及第166條，分別明定檢察官負舉證的責任、將法官的「職權調查權」改為補充性以及明定審判採當事人交互詰問程序。這個改變使台灣的訴訟程序改以當事人【即原告(檢察官)、被告(或辯護律師) 】進行為原則，頗接近西方先進國家的制度，法官退居為實質裁判的角色，原則上不再為檢察官提出的證據效力作調查，辯護律師也可以詰問證人，質疑證據的有效性等。
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「南科高鐵減振案」是自2007年3月進入司法程序，其間經歷了兩個階段:
一. 準備庭 - 確認兩方即；檢察官、被告所提出的證據是否具有證據力，法官判定沒有證據力的證據在這階段就會被剔除。同時在這個階段法官要認可雙方提出的所有證人。
二. 審判庭 - 檢察官、辯護律師根據準備庭所認可之證據進行實質攻防、言詞辯論、對出庭證人做交互詰問等，最後由檢察官論告，說明提告理由， 隨之由律師答辯，然後由被告作最後陳述，辯論終結後法官宣佈判決日期。
檢察官起訴開始一共提出254個證據，其中99個是文件，即公文、報告、會議記錄、筆記、書籍、雜誌等，另155個都是偵察期間收集自不同證人被偵訊時的證詞、筆錄等。準備庭上，兩方一交鋒，有近半被法官認定為無證據力，剩下的被保留。到審判庭時檢察官所提出的十多位證人，在交互詰問中檢察官、辯護律師不斷對爭執點交互提問，每位證人的回答在法官面前被用來與證據比對，於是逐漸被顯出與證據不符、矛盾、或被抓包等等，到最後所有被保留下來的證據全被這五次的交互詰問的結果證明無效，十位被告也因之被判決無罪！
這次的經驗告訴我，這新的訴訟程序是有用的，透過詰問證人的過程，事情的真偽自然呈現，維持中立的法官可以親眼清楚看到事實的真象而作較合理的判決，檢察官如果胡亂舉證或舉證不力則自然會被否決而敗訴！
因為「無罪推定主義」是要靠證據才能定罪，沒有確切的證據則視為無罪。
法官緩慢進步，檢察官原地踏步
法官緩慢進步，檢察官原地踏步
2006年從我開始，民進黨政務官、特任官等約17人相繼被檢調偵查後迅速以貪污罪起訴，很快的將民進黨形塑成是一個貪腐政黨。2008年民進黨果然因此輸掉政權，但國民黨為2012年籌謀，繼續追殺，又起訴了二十多人且將陳總統打進天牢。
看一看現在這17人名單我赫然發現大部份都獲無罪判決，2008年選舉前遭起訴的17人中只有一人被判有罪定讞， 其餘大多無罪，有一兩個則尚在審問，一個被要求繳一百萬保証金，但到現在都不起訴也不結案！定罪率僅不到兩成，比起一般先進西歐國家超過八成，顯非常態。
計對這種現象，我的觀察是自《刑事訴訟法》2003年修正迄今，歷經近十年的練習，法官己漸漸習慣於站在那中立的角色辦案，不再積極作職權調查，因為他們開始認知，依法檢察官必需負責舉證，所提出的證據必須檢方自己去查證到具有「八九不離十」的可信度才可列為提告的證據。否則如證據不足，自然是無罪判決。
反觀檢察官由於一貫方便行事，權力大又不必負敗訴之責，那新改的《訴訟法》第161條等於加重他們的負擔，所以多少會產生抗拒心理，故不情願去遵循新規定，繼續照舊方法搜證提告，把那粗糙而未詳細求證的證據往庭上送，他們仍然相信開庭後承審法官對其所提出的證據會如往常作必要的調查。
今年年初最高法院刑庭會議決議並發文要求各級法院法官不要再對檢察官所提出的證據作調查，此舉引起法務部的不滿，譏諷最高法院限縮調查的義務，但最高法院則以舉證責任在檢察官，其調查應使之「八九不離十」真實，且送到法庭應是百分之百正確而不能像以往那樣偷懶，反之法官為了人權維護，應主動調查對被告有利的證據，以維護「公平正義」，此為無罪推定之基本原則。
檢察官雖美其名為司法人員，但其實他們是隸屬法務部、行政院的公務員，說清楚些，檢察官是代表國家(原告)打官司的律師，與被告辯護律師立足點是平等的，他的責任是為國家捉壞人但不能因此而懲罰、教訓無罪的人！由於他們必須聽命於法務部，且上層的旨意畢竟不可避免，但為達到不放縱壞人，不冤枉好人，必須捉升舉證的能力，不能為便宜行事，而濫用公權力，動輒以羈押威脅，逼迫嫌疑人認罪或做偽証，把嫌疑人當犯人。
以同樣的觀察點來檢驗偵辦、審判陳總統的特偵組及所有庭審法官，我們也可看出相似的脈絡，那就是愈後期的法官越能站在中立角色作判決。然專辦陳總統的特偵組檢察官則看起來仍停留在老法曹裏，對那第161條的舉證要求仍視若無睹。
我們希望陳總統長命一點，以使那由在您任內促成的改進法條能有足夠的時空替您洗淨冤情！
民進黨執政只有八年，然其施政成果比執政近百年的國民黨是好許多了，但針對陳總統這深具重大意義的司法貢獻卻無人提及，我將之整理出來與大家共享，也謝謝陳總統的遠見，天佑臺灣！
